该项目系统性地评价了272份遗传多样性丰富的大豆种质，并繁种提交国家中期库进行保存以满足国家农作物品种资源战略要求；创新种质600余份、新品种8个；创建了适合遗传作图研究的含有122个株系的种间大豆重组自交系群体；构建了我国第十张大豆遗传图谱，在国际上首次定位了控制叶耳颜色基因和控制核转运因子有关的功能基因；定位了影响蛋白质含量、油分含量、产量、百粒重和生育期等5个大豆重要农艺性状的共16个QTL位点；鉴定发掘出分布在野生大豆16个位点上的与小粒、多荚、高硬脂酸含量以及抗胞囊线虫等19个优良性状基因和8份优异野生大豆资源；摸索出一套适合山东半岛地区气候特点的高产高效节本大豆间作套种复合群体优化调控技术。 该项成果既有基础理论研究，又有技术应用推广，兼备实用性和科学性。创造出的600余份特异种质拓宽了我国大豆遗传基础，丰富了大豆基因资源库，蕴藏着难以估量的生产力和科学研究潜力。基础性研究对可持续有效利用大豆种质和培育新品种上新台阶提供了重要的理论依据与育种新材料，为国家“十三五”期间发展以植物组学为基础的设计育种关键技术奠定了基础。