本发明公开了一种石漠化地区植被生态系统及其重建方法，本发明植被生态系统的贮水能力强，植物生长容易，且可以快速重建石漠化地区的植被生态系统。植被生态系统包括地面，地面上设置若干乔木种植基、灌木生长基，地面的其余区域铺设草本生长载体，所述乔木种植基内种植乔木，所述灌木生长基内种植灌木，所述草本生长载体上种植草本植物。重建方法包括以下步骤：预制乔木种植基；开凿种植基埋入孔，钻安插吸水根的孔，插入吸水根，安放乔木种植基，栽种乔木树苗；用爆破方法形成灌木生长基，铺设草本生长载体；待枯枝落叶和地表径流产生的砂石土体汇集在灌木生长基内并附着在草本生长载体表面，然后人工撒播灌木和草本植物种子。