项目选取禽流感、沙门菌病、弓形虫病等重要动物源性人兽共患病为研究对象，经过15年的联合攻关，在流行病学和病原学研究方面取得突出成果。国际上首次报道了7个具有多种亚型重组、跨洲际基因型重组、跨种间重组等特性的禽流感病毒，系统揭示了我国华南地区禽流感的病原生态学特点和遗传变异规律，率先提出了“我国禽流感的防控重心应前移至家养水禽”的科学观点，成为制定我国禽流感防控对策和更换疫苗种毒的重要理论依据；国际上率先发现禽流感病毒PB2蛋白的588等位点在病毒跨宿主传播中起决定作用，并阐明其致病机制,为开发新的诊断试剂、药物和疫苗提供了新靶标。在国际上首次研制成功水禽专用H5亚型禽流感疫苗，获得新兽药证书并转让到上市公司，大规模临床应用后，解决了困扰我国禽流感疫苗对水禽免疫效果不佳的难题。 该成果科学意义大、创新性强、应用效果突出，产生了巨大的社会、经济和生态效益，总体达到国际先进水平，流感病原流行病学及综合防控研究达到国际领先。