本项目采用在流域层面上统筹和协调水环境治理的思路，实现 “水资源、水安全、水环境、水生态和水文化”五位一体治水水务发展的目标。立足于东部海湾流域的自然条件和生态优势，针对河道黑臭、生态断片、洪涝隐患、景观单一、文化损失等问题，实施截污减源、拦蓄养流、生态修补、防洪升级、低影响开发、景观营造、文化凝升等流域治理的工程措施，采取分区定位、分区治理、分类管理、有序开发等流域管理的非工程措施，实现流域生态优美、水质清净、城镇典雅、生活富裕、旅游休闲的目标，使东部海湾成为深圳城市后花园、生态旅游集中区、亲水城镇示范区。 根据深圳东部海湾流域的环境问题和资源分布特征，将东部水系划分为生态生物资源保护区、城镇生活污染控制区、坝光国际生物谷低影响区、大鹏海湾生态旅游区等4个分区进行治理。针对各分区的片区现状特点，结合区域定位及发展规划目标，分别制定治理思路和阶段目标。在对现有流域治理措施进行科学评估的基础上，诊断和梳理流域治理存在的主要重点和难点，确定各分区水系综合治理方案和工程布局，以实现深圳市治水提质计划“一年初见成效、三年消除黑涝、五年基本达标、八年让碧水和蓝天共同成为深圳亮丽的城市名片”的工作目标。并对消除城市黑臭水体具有重要的理论意义和推广应用价值。