本技术是利用萱藻配子异宗结合的特点，从单株萱藻放出的配子经孤雌（雄）生殖形成单倍盘状体上获得丝状体，经增殖后，采用丝状体采苗的方法将丝状体切碎并使其附着在网帘上，丝状体藻段细胞直接萌发形成幼苗。本技术省略了盘状孢子体生长、成熟及游孢子放散等阶段，将萱藻人工育苗时间由6个月缩短至1个月左右，降低了育苗成本，提高了人工育苗的成功率。另外，获得的丝状体既可以保持优良品种的经济性状，又可以长期保存及快速增殖，可根据生产需要确定采苗时间和采苗数量，从根本上解决了萱藻采集合子受种藻繁殖季节限制、室内培育时间长、育苗成功率低等弊端，可以随时为生产提供大量优质高产苗种，可使萱藻栽培业尽快达到产业化水平。