亚洲水牛包括河流型和沼泽型两个亚种。水牛产奶量与荷斯坦牛相比，仅为其一半，沼泽型水牛的产奶量更低。在现代化养殖的条件下，仅靠自然繁殖是远远不能满足需要的，因此一般都会引进河流型水牛进行杂交以提高水牛的繁殖性能和产奶量。河流型水牛染色体数目是50，而沼泽型水牛为48。两个亚种之间会杂交产生染色体为49的后代，这些后代之间是可育的，相互杂交会产生48、49和50三种不同染色体数的后代。3种不同核型的水牛繁殖性能和产奶量有显著的区别，若通过核型水平对水牛进行选择，那么对杂交水牛群的整体繁殖能力将有显著的提升，辨别杂交水牛核型数也显得非常重要。传统鉴定核型较为繁琐，周期长，费时费力，成本也很高，检测大群体杂交水牛便非常麻烦，不符合现代化大规模养殖的发展方向。该技术根据在水牛的亚种杂交中，不同核型的杂交水牛在特定染色体上的基因会有所区别，这些区别会体现在碱基序列上的理论，依据分子标记的应用和杂交水牛核型分析，将二者联系起来，建立利用分子标记快速检测杂交水牛核型的方法，可快速方便大规模检测杂交水牛的核型，改良群体结构，从而提高繁殖和泌乳性能，加快杂交水牛的品种改良速度。 该项目能够简化水牛染色体核型程序，减低检测成本和检测时间，适合现代大规模奶水牛养殖场的应用，显著缩短杂交水牛改良的速度，提高杂交水牛的繁殖效率和产奶量，降低饲养成本。经济效益显著。