2011/01-2013/12，静电自组装纳米三元复合体基因转染机理的研究。自然科学基金青年基金；项目负责人。

2014/01-2016/12，SPIO纳米簇标记低氧培育iPSC归巢治疗缺氧缺血性脑病的磁共振活体示踪研究，上海交通大学医工交叉面上项目，合作单位负责人。

代表性论文专著
1) Song Ziliang*, Ma Yongjie*, Wang Yao, et al. In vitro and In vivo Combined Antibacterial Effect of Levofloxacin/Silver–Co-loaded Electrospun Fibrous Membranes. Journal of Materials Chemistry B. 2017, 5, 7632-7643.（并列一作）
2) Ma Yongjie, Wang Xiaoliang, Gu Hongchen. Enhancement of the efficiency of non-viral gene delivery by Magnetofectins Formed via Electrostatic Self-assembly to COS-7 Cell Lines in vitro. Chinese Science Bulletin. 2012,57(31):4005-4011.
3) Ma Yongjie, Yan Zhubing, Xu Hong, Gu Hongchen. Study on the interaction of GSSG modified magnetic nanoparticles with SPC-A1 cells in vitro. Chinese Science Bulletin. 2012, 57(26): 3525-3531.
4) Ma Yongjie, Zhang Zhijun, Wang Xiaoliang, Xia Weiliang, Gu Hongchen. Insights into the mechanism of magnetofection using MNPs-PEI/pDNA/free PEI magnetofectins. International Journal of Pharmaceutics. 2011, 419: 247– 254.
5) Ma Yongjie, Gu hongchen. Study on the endocytosis and the internalization mechanism of aminosilane-coated Fe3O4 nanoparticles in vitro. Journal of Material Science: Materials in Medicine. 2007,18:2145–2149.
6) 马勇杰，古宏晨，郑伟明。利用羧化纳米磁株抽取微量DNA及定量的方法。生物医学工程学杂志，2007, 24(5):1093-1096.7) 马勇杰，李红，鄢祝兵，古宏晨。细胞内磁热疗诱导人肺腺癌细胞SPC-A1凋亡的体外实验研究。生物医学工程学杂志，2007,24(6):1305-1308.
8) 马勇杰，鄢祝兵，古宏晨。人肺腺癌细胞SPC-A1对氨基硅烷纳米Fe3O4内吞途径机制的初步研究。肿瘤，2006,26(11):967-969.
9) 马勇杰，李红，古宏晨等。人肺腺癌细胞SPC-A-1与人正常肺细胞WI-38对纳米颗粒吞噬作用的比较研究。 肿瘤，2005,25(1):7-9.
10) 马勇杰，古宏晨。 细胞内磁热疗研究概述 上海师范大学学报. 2005,34(4):65-69.
11) 马勇杰.以研究生为主体实行实验室人性化管理。实验室研究与探索，2016,35(10):253-256.