国家自然科学基金委项目，41371487，洞庭湖区血吸虫疫水人水相互作用机理及调控研究，2014/12-2015/12，25万元，已结题，参与。

国家科技支撑计划子课题，2013BAJ10B14-02，社区空间结构、布局与功能分区研究及社区节地控制技术集成与示范，2013/1月-2016/12月，40万元，未结题，参与。

国家科技支撑计划子课题，2012BAJ15B06-08，基于污染空间监测与更新利用的长株潭城镇群空间规划调控技术与示范研究，2012/01-2015/10，145万元，未结题，参与。

长沙市规划局研究课题：长沙市开放社区研究（2016），已结题，主持

长沙市发改委研究课题：长沙市产业园产城融合发展研究（2015），已结题，主持

长沙市规划局研究课题：浏阳河滨水区规划策略研究（2015），已结题，主持

长沙市“十三五”规划前期重大问题研究课题：长沙以功能布局优化带动城市空间布局优化的思路和举措研究（2014—2015）已结题，主持

省高校创新平台开放基金项目（13k033）“城镇化过程中湘江流域环境健康状态响应与调控”（2013—2015）在研，主持

湖南省教改课题：基于对口支援平台的城乡规划类专业地方特色应用型人才培养研究（2012—2014）在研，主持

湖南省发改委项目:湖南资源型城市可持续发展研究（2011）.已结题，主持

湖南省普通高等学校教学改革研究项目：基于创新型人才培养的资源环境与城乡规划管理专业课程体系改革研究（2008——2010年）（121-0236）.已结题，主持

湖南省教育厅科学研究项目(070530)：城乡统筹背景下新农村村庄布局优化研究——以望城县为例（2007）.已结题，主持

曾伟平，朱佩娟，罗鹏，等.中国城市群的识别与发育格局判定分析.华东经济管理. 2017, 31(3): 105-110.

朱佩娟，李艳.人文地理与城乡规划专业实践课程教学满意度研究——以规划设计CAD课程为例.高等理科教育. 2016(3): 112-119.

秦书茜，朱佩娟，邓超男，等.新制度经济学视角下高校周边商业街分异研究——以湖南师范大学和湖南大学本部校区为例.地域研究与开发. 2016, 35(2): 77-83.

钟赛香，朱佩娟，胡鹏，等.基于合理权重赋值方法选择的多因素综合评价模型——以JCR中70种人文地理期刊为例.地理学报. 2015, 70(12): 2011-2031

朱佩娟等.社会化校园与单位式校园空间的环境认知[J].热带地理,2013,(5):596-603.

朱佩娟等;城市商业外部空间吸引力的物质空间影响因素研究——以长沙市商业外部空间调查为例[A];转型与重构——2011中国城市规划年会论文集[C];2011年

朱佩娟城市公共绿地的应急避难功能—基于GIS的格局优化研究[J].《自然灾害学报》2010,(04)：34-42

Pei-juan Zhu. Forecast and Analysis of the effectiveness of Changsha Rail Transit Based on CA/GIS[C] // 2010 International Conference on Electrical and Control Engineering. IEEE Computer Society's CPS.2010：1022-1025（EI收录）

朱佩娟基于复合生态理论的长沙湘江滨水区景观资源评价[J].《长江流域资源与环境》2010 Vol. 19 (01): 86~93

朱佩娟长沙市商业街区单向交通组织的适应性评价[J].《湖南师范大学学报自然科学学报》2009,(04)：108~113

朱佩娟基于GIS-ESDA的城市热岛效应研究[J].《自然灾害学报》2010,(02)：6-14

朱佩娟开创实践教学模式的新范例[J].《教育》2008,(04)：60-61

朱佩娟等.快速城镇化背景下战略产业发展研究[J].产业与科技论坛,2008,(04)

朱佩娟.资源环境与城乡规划管理专业实践教学创新构想[C] //大学地理科学课程报告论坛论文集.北京：高等教育出版社.2007：346-350

朱佩娟论信息化对湖南农业产业化的推动作用[J].《湖南师范大学自然科学学报》2003年3期

朱佩娟橘子洲旅游开发构想《湘南学院学报》[J].2004（1）

1、新疆吐鲁番村镇布局规划、镇总体规划、村庄规划

2、望城县提前安置集中居住规划

3、湖南省老工业基地城市调整改造规划

4、湘南地区开发开放规划

5、溆浦县乡镇总体规划、村镇布局规划、控制性详细规划等

6、安乡县国家现代农业示范区及核心区建设规划

7、湘阴山水康年养老社区规划策划

8、长沙市浏阳河滨水区规划策略研究

9、长沙市产业园区产城融合发展研究

10、浏阳河生态经济区发展规划（2015—2030年）

11、长沙市嘉园社区规划（2017）