李培根院士发表科技论文近百篇，出版专著3部，先后获国家科技进步奖二等奖1项，省部级科技进步一等奖3项，二等奖1项。1997年，李培根获得国家人事部、教育部共同颁发的“优秀留学回国人员奖”；2001年，获湖北省政府颁发的“杰出专业技术人才奖”；2003年，获中共中央组织部等６部委联合颁发的“留学回国人员成就奖”。