指纹图谱技术是目前公认的全面控制中药、食品等复杂成分体系质量的最有效最可靠的技术，指纹图谱质控技术进行质量控制的关键是相似度评价；本发明构建一种指纹图谱相似度新算法，能可靠地鉴别药品、食品的真伪，更好地从质量稳定性和安全性上控制药品、食品的质量。建立的相似度算法既能反映待评价中药及食品样品指纹图谱与标准指纹图谱之间共有峰的相似性，也考虑了非共有峰数目及其大小对产品质量的影响，能整体反应各样品指纹图谱之间相似程度，该相似度的大小能够灵敏地定量表达样品指纹图谱与标准指纹图谱定性和定量差异。