本发明公开了一种制备甲壳素的新工艺，将新鲜虾头虾壳用水清洗干净，烘干后粉碎，在超声波作用下柠檬酸与虾头虾壳中的无机盐反应生成可溶性的柠檬酸盐，降低其中的灰分，然后在超声波作用下，用氢氧化钠溶液溶解脱除虾头虾壳中的蛋白质。该工艺与常规工艺相比，将脱除无机盐的时间由10小时缩短为15-30分钟；将脱除蛋白质的温度由100℃降低为60℃，时间由2小时缩短为15-30分钟。本发明制备的甲壳素颜色为蜡白色，灰分含量≤0.5％，含氮量≤6.0％，水分含量≤8％。与传统方法相比，使用本发明生产甲壳素，可显著缩短生产周期，明显提高生产效率，同时副产物得到充分利用。