发酵床（垫料床、木屑床、深床、生物床）系指在舍内出栏地面铺设厚垫料饲养家畜，并且可利用微生物原位降解粪尿中有机物的环境保护饲养模式。南京农业大学通过研究证实，利用粪尿和垫料中微生物，在通气条件下无需添加任何“微生物菌种”（省钱），也无需浪费为了预备发酵而添加“米糠”等饲料原料（节约资源），可保障家畜健康生产。由于家畜的饲养和粪尿处理均在舍内畜床上完成，亦被称为原位发酵（in situ decomposition of livestock manure）的饲养方式，由于利用微生物分解粪便也被称为生物床饲养系统（bio-bed system），翻动透气是发酵床技术成功的关键。发酵床饲养方式可以期待的优点：①清粪作业简便省力， ②清除垫料易于生产有机肥，③无污水排放，节约废弃物处理成本，④畜舍建设成本下降，⑤动物福利健康节约药费，畜产品质优良安全。