多子小瓜虫（Ichthyophthirius multifiliis）是一种世界性分布的淡水鱼类体表寄生原生动物，由其寄生引起的鱼类皮肤增生形成白点，称“白点病”。该病爆发给水产养殖业造成严重经济损失。传统中能有效防治小瓜虫病的药物由于残留高、毒性大已经被禁用。迫切需要寻找和开发安全有效的防治小瓜虫病的新型药物。采用活性追踪法从中药直立白薇的酒精提取物中分离纯化了一种活性物质，结合质谱（ESI-MS）、高分辨质谱（HI-ESI-MS）、DEPT谱、核磁共振氢谱（1H-NMR）和核磁共振碳谱（13C-NMR）等波谱数据鉴定其结构，确定该活性化合物为直立白薇苷C（Cynatratoside-C）。本发明公开了直立白薇苷C作为制备防治鱼类体外寄生纤毛虫药物的应用，特别是用于防治多子小瓜虫。离体杀多子小瓜虫结果显示，直立白薇苷C杀成虫和幼虫的最低浓度为0.25 mg/L，有效抑制包囊孵化出感染性幼虫的最低浓度为0.06 mg/L。在体治疗和预防实验的结果显示，2 mg/L的直立白薇苷C能在48 h内治愈草鱼小瓜虫病；0.25 mg/L的药液治疗患病鱼和健康鱼混养体系10天，能有效防治小瓜虫病。急性毒性实验和溶血性实验结果显示，直立白薇苷C对草鱼的96 h半致死浓度为（LC50）为46.8 mg/L，安全浓度为10.2 mg/L，安全浓度是有效治疗浓度（0.25 mg/L）的40.8倍，可见直立白薇苷C对鱼安全；直立白薇苷C在1000 mg/L以下浓度对哺乳动物血细胞没有细胞毒性，表明直立白薇苷C安全性高。 本发明的直立白薇苷C在低浓度下即能杀灭多子小瓜虫的幼虫、包囊以及有效治疗和预防多子小瓜虫病，其活性在已发现的抗小瓜虫天然活性化合物中是最好的一个。并且直立白薇苷C对鱼类安全无毒。因此，直立白薇苷C的抗虫活性具有高效、无毒、无污染等特点，预示着其在新型环保渔药领域有着很好的应用前景。