采用基因组重排技术对高盐稀态酱油发酵过程中的S酵母进行遗传改造。在确定EMS的最佳诱变剂量和紫外诱变的最佳诱变时间的基础上，对野生型的S酵母进行诱变，获得具有充分遗传多样性的原始突变群；继而通过三轮基因组重排，构建出具有遗传稳定性的优良菌株S3-2。在高盐稀态发酵中添加S3-2使酱油风味得到了明显改善。然后，从DNA水平、转录水平及蛋白表达水平，对酵母HOG1信号转导途径中起主要作用的三个关键耐盐基因进行研究。ZrGPD1和ZrHOG1转录水平的增强和ZrFPS1转录水平的降低，导致了优良菌株S3-2胞内甘油含量的增强，从而提高了耐盐性，耐盐基因转录水平的变化是其耐盐性增强的主要原因。S3-2耐盐性的增加是由多个耐盐基因综合作用的结果。本项目的最大特点也是最大的创新点即率先将基因组重排技术应用到酱油发酵中，开创了该技术应用到食品行业的先河，也为构建其它发酵菌种提供了理论参考。此外，本项目采用酱醪汁代替酱醪进行筛选优良菌株，极大的缩短了筛选时间，简化了程序，提高了筛选效率。解决了基因组重排筛选过程中操作繁琐、耗时的问题。本项目开发了花色酱油产品（黑豆酱油、有机酱油、紫菜酱油）并得到应用。